قال الدكتور يوسف زيدان، إن هناك وجوه أساءت لفكرة مؤسسة تكوين، وكان المفترض أن ينضم لهم وجوه كثيرة، لكنه تفرغ طوال مدة البداية للرد على الانتقادات وتفنيد الشائعات، قائلا: «بقالنا عشرات السنين بنكتب للناس ونتحمل السخف ونتحمل قضايا وراضيين بكده وتلقيت اتهامات سخيفة».
وأكد "زيدان" خلال حواره ببرنامج «أسرار»، مع الاعلامية أميرة بدر، المذاع على قناة النهار، أنه كان معترض على وجه واحد فقط في مؤسسة تكوين رافضا ذكر اسمه، موضحا أن هدفهم من فكرة تكوين كان إصلاح الواقع لكن ظهر البعض ويتهم بتدفق ملايين الدولارات على مؤسسة تكوين وغيرها من الاتهامات التي تحيد عن الحقائق.
وأشار "زيدان" إلى أن هناك اتهامات حدثت بوقوع اشتباك بالأيد بينه وبين الإعلامي إبراهيم عيسى وغيرها من الشائعات فور خروج تكوين للنور، موضحا أن الهدف كان التشويش من أجل الحفاظ على السيطرة على العقول والأزمات النفسية وغيرها من أسباب كثيرة لمواجهة الفكر.